1.增值税处理主要涉及三方面问题
PPP项目涉及增值税的问题主要包括增值税是否计入建设投资、增值税进项抵扣、政府补贴与政府付费是否缴税三个方面的问题。
（一）增值税是否计入建设投资？
建设投资是否含税对政府和社会资本方影响较大。营改增之后，发改委、住建部等项目投资管理部门之前发布的《建设项目经济评价方法与参数》(第三版)等相关指导文件尚未及时修订，加上PPP项目目前尚处于政策完善和探索实践之中，在项目实施方案编制和招标等阶段，建设投资是否含税问题操作上不尽相同，对政府付费影响较大。
PPP项目付费机制包括政府付费、可行性缺口补助、使用者付费三种模式。使用者付费类项目运营、市场、测算风险等主要由社会资本方承担，是市场化行为，在此不作讨论。对于政府付费和可行性缺口补助类的项目，增值税的计算对项目能否顺利运营影响较大。根据《政府和社会资本合作项目财政承受能力论证指引》，政府付费模式付费金额计算公式为：
当年运营补贴支出数额 = 项目全部建设成本 ×（1+合理利润率） ×（ 1+年度折现率 ） + 年度运营成本 × （1+合理利润率）
财政运营补贴周期（年）
可行性缺口补助模式政府补贴金额计算公式为：
当年运营补贴支出数额 = 项目全部建设成本 ×（1+合理利润率） ×（ 1+年度折现率 ） + 年度运营成本 × （1+合理利润率） - 当年使用者付费数额
财政运营补贴周期（年）
两个计算公式中，项目全部建设成本即为《建设项目经济评价方法与参数(第三版)》中的建设投资，在PPP项目运作过程中，建设投资是否含税对政府付费金额和企业能否正常运营影响均较大。一些机构在设计方案时，或是有意或是因专业知识欠缺，将含税价计入建设投资，加大政府支付负担，造成了国家财产损失，因此明确建设投资是否含税显得迫切而重要。
建设投资应作不含增值税计算。在营改增之前，建筑业征收营业税，营业税作为价内税，其金额包含在工程造价成本内，建设投资包含营业税。2016年5月1日，营改增全面推行，PPP项目工程建设相关参数也发生了变化。为适应营改增的要求，住建部下发《住房城乡建设部办公厅关于做好建筑业营改增建设工程计价依据调整准备工作的通知》，明确了工程造价可按以下公式计算：工程造价=税前工程造价×（1+11%）
其中，11%为建筑业增值税税率，税前工程造价为人工费、材料费、施工机具使用费、企业管理费、利润和规费之和，各费用项目均以不包含增值税可抵扣进项税额的价格计算，相应计价依据按上述方法调整。
因此，项目公司从建设施工单位收到的增值税专用发票金额包括建设投资和增值税进项两方面的金额，其中，建设投资即为项目全部建设成本，政府根据设计好的付费机制给予资金成本和合理利润，增值税进项待项目进入运营期后由增值税销项税额进行抵扣。
（二）增值税进项税如何抵扣？
PPP项目建设期一般由项目公司招标选择施工单位，或者直接与具有相关资质和能力的社会资本方签订工程承包合同，项目完成后由施工单位向项目公司开具增值税专用发票，该专用发票上的增值税金为项目公司的进项税额。对于工程量较大的PPP项目，如公路、综合管廊、铁路、综合开发等项目，由于建设投资较大，加上建筑业增值税率为11%，可能会产生两个问题：一是增值税进项税额较大产生的资金成本对企业造成较大损失，二是增值税进项税额在项目合作结束时仍不能完全抵扣的问题。
资金成本问题。对于建设投资额较大的PPP项目，增值税进项税额较高，项目公司在建设期内均不会有运营收入，也不会产生相应的增值税销项税额，前期支付的进项税额较高、后期增值税销项抵扣时间较长将直接影响社会资本方的资金占用成本。
抵扣不足问题。由于PPP项目增值税进项税额较大、进项税率和销项税率一般并不相同等原因，在项目合作期间可能存在增值税进项不能全部抵扣的问题。如，建筑业增值税率为11%，政府付费类项目销项税率按照6%计算，就可能产生上述问题，特别是对于免征增值税的PPP项目，进项税额不能抵扣的问题更加显著，需要相关部门明确处理方法。
（三）政府付费与政府补贴如何缴税？
实务中，对于政府付费与可行性缺口补助类项目，由于项目涉及政府付费或财政补贴，该部分收入是否缴纳增值税并没有明确的政策规定，《国家税务总局关于中央财政补贴增值税有关问题的公告》指出，按照现行增值税政策，纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税。但对于地方政府具有付费责任的PPP项目增值税处理没有明确规定。在项目实际操作中假设不征税、假设正常征税等各种处理办法都有，同一个项目不同机构测算的结果可能差异很大。如果对政府付费或政府补贴征税，则存在地方财政补贴中央的问题；如果不征税，又没有明确的法律依据，地方政府会面临一定的风险，这方面的问题需要有关部门进一步明确。
2.企业所得税：政府付费、政府补贴是否缴税？
PPP项目企业所得税主要涉及政府付费、政府补贴是否缴税等问题。
对于这一问题，目前主要有以下法规政策：
《中华人民共和国企业所得税法》规定，收入总额中的下列收入为不征税收入：财政拨款；依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；国务院规定的其他不征税收入。
《关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》指出，企业取得的专项用途财政性资金凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：企业能够提供资金拨付文件，且文件中规定该资金的专项用途；财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。此外，还有《企业会计准则第16号——政府补助》（修订版）第二章确认和计量的相关要求。可以看出，虽然有针对财政拨付款和政府补助的相关政策，但是对于PPP项目地方政府付费或政府补贴的这一部分金额是否征收、如何征收企业所得税的问题没有明确的政策规定，现实中操作方式各异，这为PPP项目下一阶段的正常运营埋下了较大隐患。
3.项目资产转移双重征税问题
PPP项目资产转移主要发生在项目公司组建和项目移交两个阶段。
项目公司组建阶段，政府下属的投资平台与中标的社会资本方共同注资或者社会资本方独资，成立项目公司以建设、运营公共服务项目，政府出资人、社会资本方或以现金出资，或以土地、物业、机器设备等实物出资，实物出资关系到资产转移，可能涉及增值税、土地增值税、契税等相关税收的缴纳，这明显提高了社会资本方投资成本，如何有效解决上述问题需要上位法规的明确。
PPP项目产权一般属于项目公司所有，在项目运营阶段结束后，项目公司需要将PPP项目权益移交给政府或其他政府指定的机构。一般有项目移交和股权转让两种方式，如果选择股权转让可以规避这一问题，但选择将PPP项目移交的方式，则可能产生相应的增值税、土地增值税、企业所得税等纳税义务。当前法规政策并不能解决上述税收问题，这给PPP项目接下来的运营移交留下了较大隐患。
PPP项目涉及的主要税种
根据财政部《关于在公共服务领域深入推进政府和社会资本合作工作的通知》及财政部PPP综合信息平台公布的项目类型，PPP主要适用于在能源、交通运输、市政工程、农业、林业、水利、环境保护、保障性安居工程、医疗卫生、养老、教育、科技、文化、体育、旅游、片区开发等18个领域。
这些领域由于行业特点，在适用税种上存在普遍适用的税种，同时又具有本行业独特的税收特征。从项目建设、运营、移交等主要阶段综合来看，增值税、企业所得税、印花税、城市维护建设税等是PPP各领域参与主体均涉及的税种，但不同领域可能存在税率差别，部分领域可能已出台了税收优惠政策；关税、房产税、车船税、契税、土地增值税、城镇土地使用税、车辆购置税、耕地占用税等税种，依据PPP项目实际情况来看，PPP各领域参与主体可能涉及，也可能不涉及，属于或有税种；消费税、个人所得税、资源税、船舶吨税、烟叶税等税种PPP各领域参与主体基本不涉及，故可以不予考虑。
